Ο στόχος της Φυσικής Αγωγής στην ειδική εκπαίδευση είναι να αναπτύξει την σωματική και ψυχοπνευματική υπόσταση των παιδιών με αναπηρίες. Ο απώτερος σκοπός είναι η πλήρης και η ισότιμη ένταξη των μαθητών του Ε.Ε.Ε.Ε.Κ τόσο στο σχολικό περιβάλλον, όσο και σε όλα τα επίπεδα της κοινωνικής ζωής. Η δημιουργία ενός προγράμματος προσαρμοσμένης φυσικής αγωγής για κάθε μαθητή/τρια προϋποθέτει την αξιολόγησή του τόσο ως προς τις κινητικές δεξιότητες, όσο και με βάση το ιστορικό του/της. Έτσι, σχεδιάζεται ένα εξατομικευμένο πρόγραμμα φυσικής αγωγής, θέτοντας ατομικούς αλλά και ομαδικούς στόχους. Ανάλογα με τις δυνατότητες, τις ανάγκες και τα ενδιαφέροντα, οι μαθητές/τριες εντάσσονται σε δραστηριότητες και παιχνίδια ψυχοκινητικής και ορθοσωματικής αγωγής, αθλοπαιδιές (καλαθοσφαίριση, ποδόσφαιρο, βόλεϊ. κ.α.), παιχνίδια μουσικοκινητικής αγωγής, ασκήσεις στίβου ασκήσεις φυσικής κατάστασης καθώς και δραστηριότητες και παιχνίδια ψυχαγωγίας.
.